2002年11月，三峡导流明渠截流，2003年6月，三峡库区蓄水。有关三峡的生物多样性问题，一直争议不断，曾有专家认为以前由于长江三峡水流较急，一些鸟类几乎无立足之地，水库形成后，宽阔的湖面和温暖的气候将为鸟儿们搭筑起一个“天堂”。同时，水库把各条河流的食物“拦截”，使库里的鱼儿们生活得更富足。但是，中科院武汉水生生物研究所的常剑波研究员说，三峡工程对长江鱼类的多样性会有很大影响。长江有190种特有鱼类，其中90%在上游。水库可能使某些种类增加，但会侵害特有种类，不利于生物多样性的保持。
常剑波说，“大坝蓄水后，水文条件变了，由于鱼的适应性不同，这对适应缓流环境的鱼类比较有利，对适应急流等极端环境的鱼类比较不利。”
葛洲坝的修建阻断了中华鲟的洄游路线，直接导致了中华鲟数量的锐减。三峡大坝会不会造成同样的结果呢?常剑波认为，长江流域的洄游鱼类主要有中华鲟、鳗鲡、刀鱼、松鱼、鲈鱼，河豚等。中华鲟要洄游到金沙江，但葛洲坝修建后就只能洄游到葛洲坝了，其他大部分洄游鱼类只洄游到鄱阳湖以下。
常剑波认为，从保护鱼类的角度看，当然是保持鱼类的原始生存环境最好，但修水库是很复杂的问题，决策不能只决定于鱼类。
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